Flash y Adobe son el principio de los problemas
Volcar una publicación del papel a la web "tal cual" no funciona por una razón de arquitectura. En la web no queremos ir página a página. No queremos ver secciones que desconocemos. No queremos tener que hacer zoom para leer el texto.
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En la web queremos que el contenido responda a intereses claros de nuestro interés. Queremos saltar de página a página y queremos acceder al contenido rápido desde cualquier sitio. Queremos que el texto y las imágenes estén al tamaño adecuado.
Tienes que crear una base de datos con un gestor de contenidos
Este es el paso. No hay atajo. Tienes que redefinir tu publicación y hacerla accesible para la web. Puede ser que en formatos como iPad puedas tener tu mercado y tu audiencia, pero estarás perdiendo los millones de usuarios potenciales que la web te puede ofrecer.
La versión premium no tiene porque ser una versión encapsulada
Las diferencias entre una versión premium y una versión gratuita tienen que ser el contenido, no el formato. El formato ha de ser el mismo, no se debe tener una versión encapsulada "enriquecida" premium y una versión HTML gratuita. La correcta es la HTML.